2004年8月，北京建工地产用时三年，开复工面积从5万多平方米飙升至100万平方米，实现了快速发展的奇迹，成为北京建工新的经济增长点。

2004年7月27日，北京建工以经济标、技术标总分第一的成绩中标首都机场T3B航站楼工程。该工程建筑面积39万平方米，合同额达32.8亿元。这是北京建工施工史上的又一个重要的里程碑。

2003年，北京建工设立“帮困扶助基金”，由行政和工会分别拨款25万元，并发动各基层单位捐款146.28万元。2009年帮扶资金使用告罄，再次由集团行政和工会各拨付23.50万元，发动基层单位为基金捐款53.13万元，截至2013年1月，基金共帮扶各级职工1695人次，累计支出金额283.29万元。

2003年，北京建工入选“中国企业信息化500强”，企业信息化建设迈上新台阶。

2003年12月24日，《北京建工集团建设具有国际竞争力的新型企业集团发展纲要》出台，全面规划北京建工2004—2008年的发展战略、实施纲要、规划目标和战略措施，对未来几年的发展具有重要战略指导意义。

2003年4月23日，庐师山庄作为抗“非典”医务人员休养基地24小时内达到入住标准;4月28日，温泉北京胸科医院110间病房七天七夜建设完成;4月30日，小汤山疗养院西区1、2病区和东区11、12病区抢工150小时后交付使用。北京建工三创奇迹，取得了抗击“非典”攻坚战的胜利。

2003年3月29日，北京建工成立50周年科技质量大会隆重召开，推出“奖励贡献突出科技人员办法”“成立专家顾问团”“专业技术带头人培养办法”三项重大举措，标志着北京建工新世纪科技战略全面启动。

2002年12月27日，北京地铁五号线全线开工。北京建工与德国B+B公司组成的施工总承包联合体挥师进入17标段东单——灯市口区间和灯市口——东四区间。由此，北京建工重返地铁建设领域，并在几年间迅速跻身第一军团。

2002年9月4日，北京建工召开第一次党代会，“建设具有国际竞争力的新型企业集团”的发展目标在大会上正式提出。2010年9月9日，北京建工第二次党代会隆重召开。“加快推进建设具有国际竞争力的新型企业集团”目标为新时期广大干部员工指明了方向。

2002年5月11日，北京建工与浙江广厦集团联合对二建公司进行重组，成立北京市第二建筑工程有限责任公司。这是北京建工大型建安公司改制取得的实质性成果。目前，集团共有11家二级企业完成改制。

2001年12月6日，北京建工金源环保有限公司正式挂牌。12月18日，北京建工参与投资并建设的北京经济技术开发区污水处理厂落成，标志着北京建工调整产业结构取得重大突破。

2001年5月15日，“北京九十年代十大建筑”评选揭晓，北京建工承建的中央广播电视塔、奥林匹克中心及亚运村、新世界中心、北京植物园展览温室、首都图书馆新馆、清华大学图书馆新馆、北京恒基中心、北京国际金融中心等8项工程当选。

2001年1月17日，北京建工召开工作会，确立了“坚持以解放思想、转变观念为先导，加大力度调整经营结构、调整产业结构、调整所有制结构、调整产品结构，继续减员分流，推动劳务层走向市场、管理层发展壮大，从劳动密集型向技术、管理密集型转变”的工作指导思想，标志着北京建工以崭新的姿态迈进新世纪。